Начало этой церкви, как полагает Ив. Снегирев, относится к XVI столетию, когда еще эта часть Москвы была мало населена и называлась Полем. Профессор Петр Ив. Страхов (1757-1813) рассказывал, что помнил эту церковь, когда она имела каменную ограду с башенками. Видом тогда она походила на монастырь. Близость этой церкви к Иоанновой слободе дала повод к догадкам, что она была свидетельницей иноческой набожности грозного царя.

При работах у этой церкви в 1846 году было открыто множество костей человеческих; в числе здесь погребенных было немало могил и именитых людей.

В этот храм часто ездила молиться императрица Елисавета Петровна; она приезжала сюда служить панихиды над гробницею Василия Болящего, скончавшегося 7-го ноября 1727 года и погребенного в трапезе. Из вкладов этой государыни известен в приделе образ во имя Ахтырской Богоматери.